Il primo insediamento umano nei «pagi» disseminati nei valichi dei monti è da assegnarsi alla preistoria; il sorgere e il fiorire della città, però, massimamente dopo che fù distrutta «Amyclae» per opera di gente losca, è da attribuirsi alla metà del’VIII secolo a.C. (sebbene non manchino autori che discorrono di epoche più remote: sec. XIII a.C.).
La sua antichità è testimoniata delle robuste mura ciclopiche, tutt’ora esistenti, che chiudevano l’impianto urbano per un perimetro di 1550 metri. In epoca romana fu una città ricca e fiera, pur attraverso duri contrasti con Roma. Ad una influenza ellenica sulla popolazione seguì quella etrusca intorno al V secolo a.C. e più tardi, al declino della potenza etrusca tenne dietro il dominio dei Volsci. Il comportamento neutrale che Fondi tenne nelle lotte determinate dalla politica espansionista di Roma, le fece concedere la cittadinanza senza diritto di voto (338 a.C.), e poi la piena cittadinanza (188 a.C.) con l’aggregazione alla tribù Emilia. Caduto l’Impero Romano la città subì le calamità causate dalle invasioni barbariche, di Alarico prima (409), di Buccellino (454) e di Genserico dopo; seguendo le sorti della Penisola, fu assoggettata al potere bizantino verso il sec. VIII, e poi fu ceduta da Carlo Magno in potere di Roma. Sebbene decimata dai Longobardi, non cadde sotto il loro dominio.
Durante le scorrerie operate dai Saraceni, Fondi fu varie volte messa a sacco e fuoco (846, 881), quindi ceduta nell’882 da Giovanni VIII ai duchi di Gaeta in cambio del loro impegno permanente di combattere i Saraceni in difesa della Campagna romana. La donazione fu confermata da Giovanni X nel 914 per l’appoggio che i gaetani avrebbero dovuto prestarenella battaglia del Garigliano (915), in cui i corsari furono definitivamente debellati. L’annessione di Fondi a Gaeta si protrasse fino a quando, intorno all’anno 935, i duchi Docibile II e Giovanni II effettuarono la divisione del ducato gaetano attribuendo il governo di Fondi a Marino I e riservando Gaeta a Giovanni II, così da formare due ducati indipendenti, di Gaeta e di Fondi.
La serie dei duchi di Fondi iniziata con Marino I, si chiude con Pietro, console della città. Questa, asservita ai normanni e costituita in contea, fu assegnata alla famiglia dell’Aquila (1140 circa) di origine normanna, che la resse fino al 1299. Subentrò in quest’anno Roffredo III Caetani per il matrimonio contratto con Giovanna, ultimo rampollo della famiglia dell’Aquila. Sotto la signoria dei Caetani (1299-1504) la città raggiunse il massimo splendore. Di questa famiglia rimasero celebri: Roffredo III per il nuovo assetto dato alla città con la formulazione dei primi statuti e con la costruzione della seconda cinta muraria e del castello; Onorato I, fautore dello scisma d’Occidente che vide contrapporre al leggittimo pontefice Urbano VI l’antipapa Clemente VII eletto nella cattedrale di Fondi il 20 settembre 1387; Onorato II, la cui liberalità produsse una serie di artistici edifici, monumenti ed opere d’arte.
Alla discesa di Carlo VIII in Italia i Caetani perdettero la contea, assegnata dal re francese a Prospero Colonna che subentrò definitivamente nel suo possesso nel 1504, dopo la conferma fattagli da Ferdinando il Cattolico in compenso dei servizi resigli nei conflitti tra Spagnoli e Francesi nell’Italia Meridionale. Con la morte del figlio di Prospero, Vespasiano, appare sulla scena la contessa Giulia Gonzaga seconda moglie di lui. Costei dotata di grande ingegno e di prodigiosa bellezza, trasformò il suo palazzo in centro di elevata cultura tanto da richiamare i più illustri personaggi del Rinascimento. La fama della sua prodigiosa bellezza fece accorrere il famigerato corsaro Kair-ed-din detto Barbarossa , che nella notte trà l’8 e il 9 agosto 1534 assalì la città per rapirvi la contessa onde farne dono al sultano Solimano II. I perversi disegni fallirono perchè la Gonzaga, avvertita in tempo da due gaetani che provenivano da Sperlonga dove il Barbarossa era sbarcato, si diede alla fuga. Il mancato ratto spinse il corsaro a sfogare mla sua rabbia su Fondi, col trucidare gli abitanti, dopo aver saccheggiata e incendiata la città. Il matrimonio tra Isabella Colonna, figlia di Vespasiano, e Luigi Gonzaga, fratello di Giulia (1531), produsse il passaggio del feudo ai Gonzaga, di cui l’ultima erede, Isabella Gonzaga andò in sposa a Luigi Carafa di Stigliano.
Discendente di questa famiglia la contessa Anna, si rese celebre per aver sollevato, con radicale opera di bonifica, le sorti della città, caduta in abbandono per i sopraggiungere della malaria dovuta al ristagno delle acque nella piana. Sotto i nuovi feudatari conti di Mansfeld che ebbero in dono Fondi con il titolo di principi nel 1690 dal Re Carlo d’Austria (costui potè disporre della contea a causa della estinzione del ramo Carafa di Stigliano), ritorno il morbo malarico. Nuove calamità (la duplice invasione francese nel 1799 e 1806, la susseguente piaga del brigantaggio) si aggiunsero sotto la famiglia Sangro che comprò il feudo dai Mansfeld e che lo tenne fino all’abolizione delle feudalità (1806), quando Fondi entrò nel nuovo ordinamento comunale. Al Risorgimento italiano seguì un incessante progresso della città tanto da farla annoverare tra i centri più fiorenti della giovane provincia di Latina.
